Z Krotoszyńskiej Kolei Dojazdowej czynny pozostał jedynie odcinek Pleszew Wąskotorowy – Pleszew Miasto. Przewozy pasażerskie wciąż spadały: z 206 900 w 1988 do 102 258 w 1992 i 45 606 pasażerów w 2000 roku. Malały również przewozy towarowe: z ponad 300 tysięcy ton pod koniec lat 80. do 192 tysięcy ton w 1990 i 78,4 tysiąca ton w 1992. Kolej przynosiła straty. Po 1992 roku przewozy towarowe zostały przejęte przez kolej normalnotorową.
Kolej wąskotorowa przestała kursować 9 czerwca 2001. W ostatnim roku kursowania na trasie uruchamiano 6 par pociągów osobowych. Po likwidacji przewozów pasażerskich na linii były prowadzone jedynie przewozy towarowe PKP po torze normalnym (który z linią wąskotorową współdzielił jedną szynę).
Ponowne uruchomienie ruchu w XXI wieku mały|Pociąg obsługujący linię w 2022 roku – wagon motorowy 810 mały|Wnętrze budynku dworca na stacji Pleszew Miasto w 2022 roku Po zawieszeniu ruchu, PKP przekazały zarząd majątkiem dawnej kolei dojazdowej gminie Pleszew. 30 czerwca 2006 r. Urząd Miasta i Gminy Pleszew podpisał ze Stowarzyszeniem Kolejowych Przewozów Lokalnych w Kaliszu umowę dotyczącą przywrócenia regularnych kursów kolei wąskotorowej na trasie Pleszew Wąskotorowy – Pleszew Miasto.