Listopada, Roku 1648, [b.n.s.], podpisał jego pacta conventaPorządek na seymie walnym elekcyey między Warszawą a Wolą przez opisane artykuły do samego aktu elekcyey należące, vchwalony y postanowiony roku Pańskiego M.DC.XLVIII, dnia VI października, s. 19.. w stolicy swego biskupstwa, w Lidzbarku Warmińskim urządził wystawny dwór. Był pierwszym biskupem warmińskim, który tytułował się „księciem cesarstwa”. Był gorliwym zarządcą diecezji. Dbał o szkoły jezuickie, udzielał stypendiów, konserwował zamki biskupie. Wybudował letnią rezydencję biskupów (dworek modrzewiowy) w Sątopach i dom pielgrzyma w Świętej Lipce. Podczas najazdu szwedzkiego na Warmię w 1655 r. ukrył się w Królewcu. Gdy Warmię zagarnął elektor pruski Fryderyk Wilhelm, lękając się o los Kościoła złożył hołd elektorowi. Został za to oskarżony o zdradę. Aby się rehabilitować, przyczynił się do zawarcia traktatów welawskich w roku 1657. Po tym nie wypominano mu już zdrady, a król Jan Kazimierz zaproponował arcybiskupstwo gnieźnieńskie i godność prymasowską Prymasem Polski był od roku 1659. Był zwolennikiem reform Jana Kazimierza. W okresie rokoszu próbował pogodzić Jerzego Lubomirskiego z królem. w 1661 roku otrzymał ze skarbu francuskiego 12 000 liwrówKazimierz Waliszewski, Polsko-francuzkie stosunki w XVII wieku 1644-1667.