Po latach jego późniejszy dowódca Juliusz Bogdan Deczkowski wspominał w rozmowie, jaką przeprowadził Maciej Szczepańczyk, że Baczyński bardzo niecelnie strzelał.. Rozkazem dowódcy 2. kompanii batalionu „Zośka” pchor. Andrzeja Romockiego „Morro”, z 1 lipca 1944, został zwolniony z funkcji „z powodu małej przydatności w warunkach polowych” z jednoczesną prośbą o objęcie „nieoficjalnego stanowiska szefa prasowego kompanii”. Kilka dni później przeszedł do harcerskiego batalionu „Parasol” na stanowisko zastępcy dowódcy III plutonu 3. kompanii. W „Parasolu” przyjął pseudonim „Krzyś”.
Wybuch powstania warszawskiego zaskoczył Baczyńskiego w rejonie pl. Teatralnego – został tam wysłany po odbiór butów dla oddziału. Nie mogąc przedostać się na miejsce koncentracji macierzystej jednostki (Wola – Dom Starców przy Karolkowej), przyłączył się do oddziału złożonego z ochotników, którymi dowodził ppor. „Leszek” (Lesław Kossowski, dowódca reduty „Ratusz-Pałac Blanka” na odcinku kpt. „Gozdawy”). Poległ na posterunku czwartego dnia walk o pałac Blanka przy placu Teatralnym 4 sierpnia 1944 w godzinach popołudniowych (ok. 16), śmiertelnie raniony w głowę przez strzelca wyborowego ulokowanego prawdopodobnie w gmachu Teatru Wielkiego. Pierwotnie został pochowany na dziedzińcu ratusza.