Wymiana wody i zasadzenie nowych roślin w akwarium rozpoczyna cały proces od nowa, gdyż razem z wodą ponownie usuwa się większość bakterii azotowych.
Aby „skonstruować” poprawny cykl azotowy w akwarium stosuje się rozmaite sposoby: „dojrzewanie akwarium” – które polega na tym, że dodaje się do niego zwierzęta bardzo wolno i stopniowo; kilka małych rybek produkuje odpowiednio niskie stężenie amoniaku, aby było wystarczająco dużo czasu na ustalenie się równowagi cyklu azotowego; potem dodaje się kolejne ryby stopniowo tak aby tej równowagi nie zaburzyć – jest to proces czasochłonny i wymagający cierpliwości filtrowanie – stosowanie filtrów usuwających nadmiar amoniaku z wody do czasu ustalenia się równowagi cyklu dodawanie kolonii bakterii azotowych do wody i piasku – kolonie takie są dostępne w formie gotowych preparatów które należy dodać do wody, oraz dodatków do filtrów, celowo „zakażonych” odpowiednimi mieszankami tych bakterii;