Po wizycie w Rosji przeniósł się do mieszkania prababci w Londynie, co według niego było jego przeznaczeniem. Znalazł pracę na cmentarzu we Willesden, w której przez większość czasu pisał i czytał siedząc na nagrobkach. Osiemnastoletni Doherty pokazał się w wywiadzie z MTV w dniu wydania płyty Oasis o nazwie Be Here Now. Studiował literaturę angielską na Queen Mary, University of London, jednak odszedł po ukończeniu pierwszego roku. Następnie przeprowadził się do londyńskiego mieszkania razem z kolegą Carlem Barâtem, który wcześniej studiował z jego siostrą.

Działalność artystyczna Z zespołem The Libertines nagrał trzy albumy: Up the Bracket (2002), The Libertines (2004) oraz Anthems For Doomed Youth (2015).

Po rozpadzie grupy Carl Barat założył zespół Dirty Pretty Things, a Doherty założył grupę Babyshambles. Oficjalny skład grupy to Pete Doherty, Drew McConnell, Mick Whitnall i Adam Ficek.

W 2007 roku jego obrazy z serii Bloodworks zostały wystawione w galerii Bankrobber w Londynie.

24 marca 2009 wydał swój pierwszy solowy album zatytułowany Grace/Wastelands.