Jednocześnie z ołtarzem głównym w zachodnim (prawym) ramieniu transeptu stanął ołtarz Zwiastowania NMP. W przeciwieństwie do ołtarza głównego uzyskał on rozbudowaną i dużych rozmiarów nastawę (obecnie stojącą w ołtarzu głównym). Jest ona dziełem krakowskich rzeźbiarzy-rzemieślników Wita Wisza, Maksymiliana Krzyka i Jana Józefa Góreckiego. Z tymi trzema postaciami związane są także inne elementy ruchomego wyposażenia kościoła: ambona z 1910 roku, ołtarze boczne z lat 1910–1911 Matki Boskiej Nieustającej Pomocy i św. Antoniego. Wit Wisz i Maksymilian Krzyk są ponadto wymieniani w archiwaliach jako autorzy ołtarza Matki Boskiej Częstochowskiej w kaplicy przy nawie bocznej. W 1917 roku powstał ołtarz św. Wincentego Ferreriusza w kaplicy przy prawej nawie bocznej. W kaplicy Adoracji ustawiono neogotycki ołtarz Najświętszego Serca Jezusowego, zakupiony od oo. Franciszkanów z Krakowa.