Według innego projektu, przez Hrubieszów miała zostać przeprowadzona linia z Tomaszowa na Horodło, gdzie miała się połączyć z inną projektowaną linią Chełm – Włodzimierz Wołyński.

Jednak w 1915 zostali wyparci przez wojska niemieckie i austro-węgierskie, które w latach 1916–1918 zbudowały linię z Zawady k. Zamościa do Wojnicy k. Włodzimierza. Dworzec kolejowy został zbudowany w 1927 r. w stylu zakopiańskim. W 1939 r. podczas kampanii wrześniowej stacja została dwukrotnie zbombardowana: 12 września przez Luftwaffe, natomiast 16 września przez wojska polskie w celu usunięcia Niemców z zajętej przez nich stacji (co było wówczas rzadkim przypadkiem). Na początku 1944 budynek dworca został wysadzony przez oddział Armii Krajowej. Po II wojnie światowej zbudowano inny, prowizoryczny budynek dworca. W 1983 r. został oddany do użytku duży, nowoczesny budynek dworca pod nazwą „Hrubieszów Miasto”.