Rewanże 24 sierpnia 2006 Liteks Łowecz 2-1 Omonia Nikozja Auxerre 5-1 OFK Beograd Wisła Płock 1-1 Czornomoreć OdessaWisła Kraków 1-0 SV MattersburgNK Domžale 0-3 Hapoel Tel Awiw Trabzonspor 1-0 APOEL FCLokomotiw Sofia 4-0 Bene JehudaClub Brugge 5-2 Suduva MariampolFC Sion 1-0 SV RiedEthnikos Achna 5-0 KSV RoeselareMetalurg Zaporoże 3-0 Zimbru Kiszyniów Hajduk Kula 0-0 (pd. 1-1) CSKA SofiaBeitar Jerozolima 1-1 FC Dinamo Bukareszt Grasshoppers Zurych 2-0 Videoton FC FehérvárFC Levadia Tallinn 1-0 FC TwenteSlavia Praga 0-0 Karvan YevlaxRapid Bukareszt 2-0 FK SarajevoNewcastle United 0-0 FK VentspilsBrøndby IF 4-0 FC Flora TallinnDerry City F.C. 2-2 Gretna FCFBK Kaunas 1-0 Randers FCDynama Mińsk 2-3 FC Artmedia Petržalka FC Vaduz 2-1 FC Basel 1893Ameri Tbilisi 2-2 Hertha BSCDrogheda United 1-0 IK StartSkonto FC 1-2 Molde FKLlanelli A.F.C. 1-5 Odense BKOlympique Marsylia 0-0 BSC Young BoysMaribor 1-1 Partizan Belgrad BATE Borysów 0-2 Rubin KazańÅtvidabergs FF 1-1 SK BrannKayserispor 3-1 SK Tirana