Z tego powodu korzystały z niej głównie pociągi towarowe.
6 września 1939 niemiecka Luftwaffe zbombardowała i ostrzeliła pociąg ewakuacyjny z Wielkopolski Zachodniej i Pomorza znajdujący się na stacji. W zdarzeniu zginęło 61 osób, które zostały pochowane w zbiorowej mogile. Wydarzenie to upamiętnia pomnik w miejscowości Lipie Góry.
21 lutego 1962 na odcinku pomiędzy Babiakiem a Lipimi Górami doszło do wypadku - w czasie mijania się pociągu towarowego z osobowym doszło do eksplozji kotła w parowozie, w wyniku czego śmierć poniosła drużyna pociągu towarowego, a pasażerowie składu osobowego zostali ranni.
W grudniu 2008, ze względu na pogarszający się stan techniczny torowiska, zawieszono kursowanie pociągów osobowych na trasie pomiędzy Babiakiem a Ponętowem. Z dniem 11 grudnia 2011 wstrzymano również wszystkie połączenia pasażerskie pomiędzy Zduńską Wolą a Inowrocławiem i Toruniem Głównym. Latem 2011 na stacji zatrzymywała się jedna para pociągu pospiesznego Polregio, kursującego pomiędzy Katowicami a Gdynią Główną.
Od września 2011 stacja w Lipich Górach nie znajduje się w rozkładzie jazdy żadnego pociągu pasażerskiego.