Różnica między obrazami powstaje w wyniku różnego rozszczepienia przechodzących promieni (krystaliczna struktura płytek aragonitowych). Badając perłę nowszą metodą rentgenowską (radiografia) – przy oświetlaniu naturalnej perły powstaje jasna plama. Jest to metoda, przy której jakakolwiek pomyłka jest wykluczona; jest niezwykle szybka (badanie trwa około 1 minuty); stosuje się ją do badania sznurów pereł. metoda luminescencji (niezbyt pewna) – perły naturalne wykazują świecenie niebieskie, żółtawe, zielonkawe, i różowawe pod wpływem dalekiego i bliskiego UV. Perły słodkowodne wykazują zawsze barwne świecenie. Perły naturalne rzucone na szklaną płytę z wysokości 70 cm odbijają się od niej na wysokość 30 –40 cm. Dzięki pewnej przezroczystości powierzchniowej warstwy perły powstają zjawiska optyczne, które wywołują połysk i grę barw. Najpiękniejszy połysk mają te perły, których warstwa powierzchniowa jest utworzona tylko z masy perłowej. W perłach, w których pod powierzchnią nagromadziła się konchiolina, połysk jest słabszy i bardziej matowy.