W 1801, po zawarciu pokoju z Austrią, towarzyszył Legionowi na zimowym leżu w dolinie rzeki Krems. Jego sztab mieścił się w Kremsmünster, gdzie w miejscowym opactwie oddawał się w wolnych chwilach studiom naukowym. Z chwilą otrzymania rozkazów przejścia Legionu do Toskanii, sprowadził oddziały przez Szwajcarię.
W latach 1802–1803, po reorganizacji Legionu, Sokolnicki został we Włoszech, gdzie się leczył, zajmując się jednocześnie przedmiotami naukowymi i publikacjami. W 1804 został powołany na członka rzeczywistego Towarzystwa Akademickiego Nauk.
Kampania 1806-1807 W 1806 odbył u boku Napoleona kampanię pułtuską. W 1807 w stopniu generała brygady objął dowództwo pierwszej brygady w Legionie trzecim Wojsk Polskich, z którym po energicznym wdrożeniu subordynacji, walczył na Pomorzu (Słupsk, Gdańsk-Neufahrwasser-Weichselmünde). W tym czasie dekretem Napoleona, datowanym z Finckenstein 19 kwietnia, otrzymał Krzyż Legii Honorowej.