Po powrocie kontynuował dzieło reformy zakonu bazylianów, tworząc monastery w Żyrowicach i Bytyniu. W 1616 r. autonomiczne dotąd klasztory połączył w kongregację pod wezwaniem Świętej Trójcy z dożywotnim protoarchimandrytą na czele, podlegającym jedynie metropolicie. Reforma bazylianów dokonana na wzór zakonu jezuitów w zakresie organizacji, reguły i działalności uczyniła ten zakon główną siłą Kościoła unickiego. Rutskiemu udało się pozyskać środowisko zakonne, będące dotąd centrum oporu wobec unii brzeskiej.
Metropolita zwalczał wpływy dyzunitów, jak i Kościoła rzymskokatolickiego, starając się u papieża o wydanie zakazu przechodzenia prawosławnych na obrządek łaciński. Po odtworzeniu hierarchii prawosławnej (misja patriarchy jerozolimskiego Teofanesa III w 1620 r.) podjął rozmowy z metropolitą prawosławnym Hiobem Boreckim (1623) na temat zjednoczenia obu unitów i dyzunitów i utworzenia wspólnego patriarchatu Rusi. Zabiegi te oraz podobne podejmowane w latach późniejszych (np. nieudany wspólny sobór w Kobryniu w 1629 r.) rozbiły się o mur nieufności prawosławnych wobec unitów i nieustępliwość Stolicy Apostolskiej, która domagała się, by prawosławni przyjęli unię brzeską.