Wewnątrz kraju zaczęły wybuchać antyfrancuskie powstania. Po utworzeniu państwa kantony Glarus i Schwyz ogłosiły secesję. Przywódcą buntu był Alois von Reding, jednak jego oddziały zostały pokonane przez francuską armię w bitwie pod Rothenthurm 2 maja 1798. Nie powstrzymało to jednak oporu ludności; na terenie kraju zaczęła działać partyzantka. Na początku 1799 roku w kantonach Uri, Schwyz, Ticino i Valais wybuchło powstanie chłopskie. W 1799 Republika Helwecka stała się teatrem wojny francusko-austriackiej, a w lecie tego roku część jej ziem była przejściowo okupowana przez armię rosyjską pod dowództwem Aleksandra Suworowa. Korzystając z zamieszek, do kraju wkroczyły wojska austriackie, zajmując Gryzonię.
W kraju nastąpiła anarchia. W styczniu 1800 roku zniesiono dyrektoriat i zastąpiono go Komitetem Rady Helweckiej. Wśród szwajcarskich polityków nastąpiła wyraźna polaryzacja na dwie grupy: unitarystów (zwolenników państwa jednolitego i niepodzielnego) tudzież federalistów (zwiększenia pozycji i uprawnień kantonów). Oba środowiska szukały wsparcia u Napoleona.