Imperium rosyjskie Na mocy ugody władz Austrii, Prus i Rosji z 1795 roku państwo polsko-litewskie zostało ostatecznie podzielone i ziemie Wielkiego Księstwa Litewskiego przypadły Rosji. Nakazem cara Mikołaja I 18 grudnia 1842 roku założona została gubernia kowieńska, w skład której weszła cała północna część guberni wileńskiej: okręg telszewski, szawelski, rosieński, upicki, nowoaleksandrowski, wiłkomierski i część dawnego okręgu kowieńskiego. Gubernia istniała do I wojny światowej. Lewobrzeżna część Kowna – Aleksota została przydzielona guberni suwalskiej. Terytorium guberni kowieńskiej obejmowało wówczas 38 400 km².
W latach 1795–1796 i 1801-43 okręg kowieński przynależał do guberni wileńskiej, od 1796 do 1801 roku do guberni litewskiej, a od 1843 do 1915 roku do guberni kowieńskiej (obszar po lewej stronie Niemna w latach 1795–1918 nie należał do okręgu).
Okres międzywojenny W momencie najazdu Niemiec w latach 1915–1918 okręg kowieński przynależał do obszaru Ober-Ostu (w latach 1915–1917 istniało tylko Kowno, a w latach 1917–1918 miasto i okręg).