20 czerwca 1950 roku Litewska Socjalistyczna Republika Radziecka zarządzeniem Prezydium Rady Najwyższej ZSRR został utworzony nowy system podziału administracyjnego – okręgi zostały wycofane, a Litwa podzielona na cztery obszary – wileński, kowieński, kłajpedzki i szawelski. Okręg kowieński został przekształcony w rejony Poniemunia (41 apylinkes – dawnych starostw) i Wiliampola (27 apylinkes), a część terytorium została przekazana rejonom Janowa (14 apylinkes), Kozłowej Rudy (12 apylinkes) i Kiedajn (4 apylinkes).
Odbudowa niepodległości Po odzyskaniu niepodległości przez Litwę na początku października 1993 roku mianowani zostali przez rząd przedstawiciele w 10 regionach oraz w Wilnie i Kownie. 5 sierpnia 1994 roku po przyjęciu ustawy o jednostkach administracyjnych Republiki Litwy i ich granicach, rozpoczęto odbudowę okręgów. 15 grudnia 1994 została przyjęta ustawa o władzy w okręgach. Rzeczywiste prace nad odbudową okręgów rozpoczęły się na przełomie lutego i marca 1995 roku, po mianowaniu władz okręgowych przez rząd.
W 2003 roku potwierdzony został obecny herb okręgu kowieńskiego.