Po powrocie „Kodym” próbował uruchomić Aptekę, jednak żaden skład nie utrzymał się długo. W 2003 roku nakładem wytwórni Sonic Records ukazał się CD Psychedelic Underground. Zawierał on wszystkie utwory z wydanej w 1993 kasety Urojonecałemiasta i kilka utworów z Narkotyków. Album ten nie jest autoryzowany przez zespół, podobnie jak kaseta Live ’92.
Po 2003 W marcu 2003 grupa wznowiła działalność. Cztery miesiące później muzycy („Kodym”, basista Jacek Żołądek oraz perkusista Grzegorz Puzio) nagrali we wrocławskim studiu dwa utwory: „Korowód” i „Zagłada robactwa” („Korowód” trafił na winylową wersję albumu Menda). W 2007 „Kodym” z nowym składem zespołu (basista Marcin Ciempiel i perkusista Artur Hajdasz) nagrał album Apteka. W czerwcu tego samego roku znowu nastąpiły personalne zmiany w grupie, przez co wiele koncertów zostało odwołanych. Miejsce Ciempiela zajął basista Janek Witaszek, a Hajdasza perkusista Marcin Słomiński. W tym składzie 29 czerwca 2007 Apteka zagrała koncert na Heineken Open’er Festival w rodzinnej Gdyni. W 2009 Słomińskiego zastąpił Seweryn Narożny. W 2010 muzycy nagrali nową płytę Tylko dla..., która ukazała się pod koniec czerwca. W 2011 r. Apteka w składzie Jędrzej Kodymowski, Grzegorz Puzio, Jacek Żołądek wystąpiła na XVII Przystanku Woodstock.