Jack Sparrow zostaje przez nich uznany za boga w ludzkiej postaci, natomiast Will i załoga „Czarnej Perły” zostają jeńcami. Okazuje się, że tubylcy chcą uwolnić Jacka od jego cielesnej powłoki, którą zamierzają skonsumować. Willowi udaje się uciec i uratować Jacka. Razem wyruszają do czarownicy, która daje im rady co do tego, jak powinni postępować z Davym Jonesem. W drodze powrotnej mają nieszczęście spotkać statek-widmo „Latającego Holendra” z demoniczną załogą na pokładzie. Will dostaje się na jego pokład, aby ukraść jego kapitanowi klucz do tytułowej skrzyni. Na jego pokładzie spotyka swojego ojca, który oddał duszę, aby uchronić swojego syna przed losem pirata. Młody Turner kradnie klucz i ucieka z pomocą ojca, ale statek na którym dostał schronienie zatapia Kraken. W tym samym czasie Jack na Czarnej Perle zmierza do Tortugi (portu piratów), by znaleźć tam dusze, które zgodzą się w zamian za niego wstąpić do załogi „Latającego Holendra”. Równocześnie Elizabeth przybywa także do Tortugi i spotyka Jacka oraz komodora Norringtona, byłego oficera Kompanii Wschodnioindyjskiej, który kiedyś pomógł Jackowi w kolejnej ucieczce. Razem wyruszają na wyspę na której zakopana jest skrzynia. Równocześnie Will po zatopieniu okrętu dostaje się znów na „Latającego Holendra”, ale tym razem bez wiedzy załogi i kapitana.