Był prekursorem kontaktów ekumenicznych pomiędzy Kościołem rzymskokatolickim i Kościołem Katolickim Mariawitów; był współautorem oświadczenia o respektowaniu chrztu udzielonego w Kościele rzymskokatolickim przez Kościół Katolicki Mariawitów oraz o respektowaniu chrztu udzielonego w Kościele Katolickim Mariawitów przez Kościół rzymskokatolicki (1984 r.)W 2010 r., kilka lat po śmierci arcybiskupa Rafaela strona rzymskokatolicka wycofała się z zawartego porozumienia. Zob. Borys Przedpełski, Różne formy oficjalnego dialogu mariawicko-rzymskokatolickiego w latach 1971–1996. Rocznik Teologiczny LXIV – z. 4/2022, HTTPS//ORCID.ORG/0000-0002-5377-2106, DOI: 10.36124/rt.2022.28, Chrześcijańska Akademia Teologiczna w Warszawie, Warszawa 2022, s. 780–784, 804..
W 2003 r. arcybiskup Józef Maria Rafael Wojciechowski wydał książkę Pisma wybrane – Dzieło Bożego Ratunku, zawierającą reformy doktrynalne w Kościele Katolickim Mariawitów.