Mikromorfologia opisuje wewnętrzną budowę gleby. Badania mikromorfologiczne polegają na laboratoryjnej analizie specjalnie przygotowanych (nasyconych żywicą) preparatów gleby o nienaruszonej strukturze, tzw. mikroszlifów. Mikroszlify bada się pod mikroskopem w świetle równoległym i spolaryzowanym. Na obrazie można wyróżnić tzw. mikroszkielet tworzony przez ziarna większe od 0,002 mm, oraz "plazmę", której cząstki mają średnicę poniżej 0,002 mm. Najważniejszą częścią plazmy jest ił koloidalny, składający się z wysokodyspersyjnych minerałów ilastych oraz związków organicznych i mineralno-organicznych. Ponieważ plazma jest koloidalną częścią stałej fazy gleby o największym stopniu rozdrobnienia, wypełnia wolne przestrzenie między drobinami mikroszkieletu. Przestrzenne rozmieszczenie szkieletu i plazmy jest charakterystyczne dla poszczególnych poziomów genetycznych, dlatego na tej podstawie można wnioskować o przebiegu procesów glebowych. Można obserwować między innymi: a) przemieszczanie plazmy w profilu (iluwialne wmywanie), b) różne stadia rozkładu glebowej