Zwracają uwagę znaczne rozmiary budowli – jej korpus mierzył 30 na 37 metrów, a całość wraz z loggią 34 na 42 metry. Wszystkie wnętrza najniższej kondygnacji posiadały (zachowane częściowo do dziś) sklepienia; prowadziły do niej z zewnątrz dwa sklepione wjazdy, usytuowane z dwóch stron na osi głównej budynku. Pod względem architektonicznym i funkcjonalnym reprezentowała typ willi włoskiej. Renesansowa siedziba biskupia na Prądniku miała od początku również charakter obronny. Wieloboczny obwód obronny składał się z murów kurtynowych z kolistymi, otwartymi do wewnątrz basztami (bastejami) w narożach. W 1549 roku przebywający w Prądniku z wizytą u biskupa Maciejowskiego Augustinius Rotundas napisał w liście do kardynała Hozjusza ...jestem pod urokiem tajemniczych budowli oraz ich otoczenia.... Renesansowa willa tętniła życiem, była miejscem spotkań dyplomatów, poetów, myślicieli.