Po roku ukształtował się profil światopoglądowy serwisu – propagowanie racjonalizmu i wolnomyślicielstwa.

Serwis nieustannie się rozwijał, dochodzili kolejni publicyści, a wokół serwisu zaczęła się gromadzić społeczność. Początkowo serwis prowadzony był w prostej technologii, w całości opierał się na HTML-u.

1 czerwca 2002 serwis przeszedł radykalną przemianę: Klerokratia została przekształcona w Racjonalistę. Racjonalista oparł się na technologii (której rdzeń stanowi PHP) zaprogramowanej przez Michała Przecha oraz nowym designie wykonanym przez Patrycję Stańczyk. Racjonalista zachował profil światopoglądowy Klerokratii, lecz stał się przede wszystkim kompendium, otwierając się na publikacje ze wszystkich ważniejszych dziedzin wiedzy.

Portal Racjonalista.pl nawiązuje do czasopisma „Racjonalista”, wydawanego przed wojną przez polski ruch racjonalistyczny.

1 czerwca 2003 serwis zainaugurował sekcję anglojęzyczną, wchodząc jednocześnie w ścisłą współpracę z magazynem „American Rationalist”, którego (do 2005) Racjonalista stał się organem internetowym.

W styczniu 2005 ludzie skupieni wokół "Racjonalisty" powołali Polskie Stowarzyszenie Racjonalistów.