Machar ogłosił chęć wystartowania w wyborach prezydenckich w 2015, jednak w grudniu 2013 przeprowadził nieudany zamach stanu, który przerodził się w zacięty konflikt między plemieniem Dinka, z którego wywodził się prezydent, a Nuerami, których przedstawicielem był Machar.
Strony konfliktu wielokrotnie zawierały nietrwałe rozejmy. W lipcu 2015 roku Rada Bezpieczeństwa ONZ objęła sankcjami sześciu dowódców obu stron, rozważano także embargo na import broni. Dopiero latem 2015 roku udało się przy pomocy mediatorów międzynarodowych wypracować porozumienie, które Machar podpisał 17 sierpnia, a Kiir dopiero 26 sierpnia, pod naciskiem społeczności międzynarodowej. Rozejm zakładał przerwanie walk, utworzenie w ciągu 90 dni rządu jedności, powrót Machara na stanowisko wiceprezydenta i demilitaryzację stołecznej Dżuby. Rozejm zakłada także powstanie komisji, która miała zbadać naruszenia praw człowieka. Wskutek walk 2,3 mln osób straciło dach nad głową, zginęło co najmniej kilkadziesiąt tysięcy, a walczące oddziały dopuściły się wielu zbrodni na cywilach. Porozumienie nie zakończyło walk, które z czasem zaczęły rozszerzać się na większość terytorium kraju. W 2016/2017 r.