Do 31 marca 2008 dyrektorem szkoły była Iwona Waszkiewicz, która 1 kwietnia tegoż roku objęła stanowisko Kujawsko-Pomorskiego Kuratora Oświaty. Jej następczynią została wybrana nauczycielka chemii – Agnieszka Łysio. W 2013 stanowisko dyrektora szkoły objęła dr Wiesława Burlińska, nauczycielka języka francuskiego.
Do 2019 liceum wraz z Gimnazjum nr 50 tworzyło Zespół Szkół Ogólnokształcących nr 6 w Bydgoszczy.
Współpraca W ramach umowy podpisanej 28 marca 2007 Zespół Szkół nr 6 współpracuje z Uniwersytetem Technologiczno-Przyrodniczym im. Jana i Jędrzeja Śniadeckich w BydgoszczyZespół Szkół Ogólnokształcących nr 6 w Bydgoszczy.. W ramach porozumienia w liceum oraz w gimnazjum utworzono klasy uniwersyteckie, które są pod naukowym patronatem Uniwersytetu. Są to: wszystkie klasy gimnazjalne oraz klasy matematyczno-informatyczne i medyczno-przyrodnicze w liceum. Współpraca ta opiera się na uczestnictwie uczniów w cyklicznych zajęciach laboratoryjnych oraz wykładach, pracach kół naukowych, sympozjach itp.