Imiołek 66' Policht 74') HEKO Czermno – Widzew Łódź 0:3 (vo)
1/16 finału
Do rozgrywek dołączyły kluby pierwszoligowe wg stanu z poprzedniego sezonu. Mecze zostały rozegrane pomiędzy 19 września a 4 października 2006.
Lechia Gdańsk – Pogoń Szczecin 0:2 (Daniel 21' Ânderson 38') Mieszko Gniezno – Górnik Zabrze 0:1 (Łuczywek 81') Tur Turek – Korona Kielce 1:3 (Majewski 49' - Bagnicki 43' 58' 85') Jeziorak Iława – Zagłębie Lubin 2:3 dogr. (Szkamelski 47' Okwunwanne 115' - Banaczek 86' Chałbiński 93' Piszczek 110') Piast Gliwice – Arka Gdynia 2:5 (Kędziora 2' Janczarek 65' - Niciński 10' 22' Dziedzic 35' 37' Moskalewicz 40') Znicz Pruszków – Dyskobolia Grodzisk Wielkopolski 1:2 (Tomczyk 52'k. - Zahorski 48' Nowacki 90') Ruch Chorzów – Polonia Warszawa 6:0 (Łudziński 21' 26' Misiura 29' 50' Pulkowski 62' Sokołowski I 78') Podbeskidzie Bielsko-Biała – Lech Poznań 1:2 (Wasilewski 79' sam. - Zakrzewski 42' 45') Radomiak Radom – Odra Wodzisław Śląski 1:0 (Terlecki 56') Górnik Polkowice – GKS Bełchatów 2:2, k. 5:4 (Witkowski 62' 68' - Nowak 2' Jarzębowski 65') Świt Nowy Dwór Mazowiecki – Wisła Kraków 1:5 (Łowicki 90' - Radovanović 22' 37' 45' Penksa 35' Kryszałowicz 75') Stal Sanok – Legia Warszawa 2:1 (Badowicz 36' Gryboś 76' - Radović 73') Okocimski Brzesko – Wisła Płock 4:4, dogr.