Mimo to przeciwciała monoklonalne są szeroko stosowane i opracowuje się coraz nowsze metody bazujące na ich właściwościach.
Klasyczne przeciwciała monoklonalne Są to przeciwciała monoklonalne, które nie podlegają dalszym modyfikacjom. Ich budowa jest taka sama, jak w przypadku normalnych, poliklonalnych przeciwciał. Takie przeciwciała mogą być łączone z innymi związkami chemicznymi, co pozwala rozszerzyć ich właściwości. Poniżej przedstawione są główne sposoby modyfikacji przeciwciał monoklonalnych.
Immunotoksyny Immunotoksynami nazywamy połączenia przeciwciał monoklonalnych, czynników wzrostowych (growth factors) lub cytokin z toksynami bakteryjnymi lub roślinnymi. Zasada działania takich koniugatów polega na tym, że po przyłączeniu się do danego antygenu (np. na powierzchni komórki nowotworowej) toksyna może niszczyć komórkę niosącą ten antygen. W ten sposób mogą być niszczone określone komórki bez szkody dla innych komórek organizmu. Jest to możliwe dzięki modyfikacji toksyny w taki sposób, żeby nie mogła ona uszkadzać innych komórek, do których immunotoksyna mogłaby się przypadkowo przyłączyć, np. poprzez część Fc przeciwciała (patrz: przeciwciało: Budowa).