Jego matka – Kushina Uzumaki pochodziła z i była żoną Minato. O swoim ojcu dowiedział się w wieku 16 lat z informacji zawartych w zabezpieczeniach przed uwolnieniem bestii. Naruto wychował się w samotności, unikany przez mieszkańców wioski. Sam Czwarty Hokage pragnął, aby traktowano go jak bohatera, który uratował wioskę. Dotkliwe kary, które wprowadził trzeci Hokage za mówienie o przeszłości, powstrzymują starszych przed otwartą wrogością, jednakże ich niechęć w stosunku do Naruto przenosi się na jego rówieśników, którzy nie znają prawdy. Fakt ten bardzo martwi Sarutobiego, który podziela opinię swojego następcy i pragnie, aby Naruto żył wolny od uprzedzeń.
Sam Naruto dowiaduje się o zapieczętowanym w nim Kyūbi dopiero w wieku 12 lat, wcześniej sprawiwszy mnóstwo problemów wychowawczych, chcąc w ten sposób zwrócić na siebie uwagę. Namiastką ojca stał się dla niego Iruka Umino, nauczyciel z Akademii. Mimo że rodzice Iruki również zginęli podczas walki z demonem, jako jeden z pierwszych przezwycięża on swoje uprzedzenia i nie wini Naruto za ich śmierć, stając się w ten sposób jego pierwszym i najważniejszym przyjacielem oraz kimś w rodzaju ojca.