Zarazem jednak koncepcja ta wydaje się być różna od poglądów eleatów, gdyż trudno ją – mimo wysiłków uczonych – powiązać z jego koncepcją niezmiennego boga oraz mimo tego, że Ksenofanes zaprzeczał zmienności i ruchowi całego kosmosu, wyraźnie nie zaprzeczał zmienności i ruchowi poszczególnych rzeczy w kosmosie, co jest skrajnie odmienne od fizyki eleackiej. Mario Untersteiner w Senofane. Testimonianze e frammenti sądzi nawet, że koncepcja zasady u Ksenofanesa jest po prostu nie w pełni przekształconą w filozoficzną mitologiczno-religijną koncepcją Gai, ziemi-matki.
Ksenofanes jest też znany ze swych obserwacji na temat skamieniałości. Widział w nich sfosylizowane szczątki zwierząt morskich, z czego wyciągał wniosek o cyklicznych przemianach ziemi i morza.
Kosmogonia
Zdaniem Ksenofanesa kosmosem jest bóg. Teologia ta: nie jest monoteistyczna, gdyż bóg-kosmos jest jeden i wszystek zarazem (dlatego zasadą natury jest ziemia, wszystko bowiem z niej się wywodzi i w niej rozpływa), nie jest dualistyczna, gdyż brak tu przeciwstawienia tego, co duchowe temu, co materialne, jest zaś panteistyczna, gdyż stwierdzenie, że bóg jest kosmosem należy odczytać w kontekście jedności. Ksenofanes nie określił jednak relacji pomiędzy bogiem-kosmosem a zjawiskami kosmicznymi.