Gdy w 1698 został marszałkiem Trybunału Litewskiego, szlachta litewska obwołała go generalnym pułkownikiem województw i powiatów litewskich. Zwołał pospolite ruszenie szlachty na 15 października pod Grodno. Tam, w obecności Augusta II i po wprowadzeniu wojsk saskich na Litwę wymógł na hetmanie wielkim litewskim Kazimierzu Janie Sapieże redukcję wojska litewskiego, która nastąpiła w obecności Augusta II.
W 1700 Sapiehowie zamierzali przeprowadzić zamach na życie Kociełła, jednakże przez pomyłkę napadnięto na książąt Wiśniowieckich, co spowodowało, że stanęli oni na czele szlachty rozpoczynając wojnę domową na LitwiePrzypadek ostatecznie rozstrzygnął o przerzuceniu się rodu kniaziowskiego na stronę szlachty. W kwietniu służba Sapiehów pomyliła się w nocy na ulicy Św. Jana w Wilnie, wzięła orszak Wiśniowieckiego za drużynę Kociełła, napadła nań, poraniła książąt Janusza i Michała. Paweł Jasienica, Dzieje agonii, rozdział Droga za kraty..
Brał udział w bitwie pod Olkienikami. W czasie wojny północnej był stronnikiem Sasów, w 1704 przystąpił do konfederacji sandomierskiej.