Królowa Francji i Nawarry 20 listopada 1316 roku po śmierci Jana I Pogrobowca rozpoczął się spór o sukcesję. Mężowi Joanny udało się przekonać baronów, aby odrzucili prawa 4-letniej Joanny, jedynej córki Ludwika X Kłótliwego i Małgorzaty Burgundzkiej i sam zasiadł na tronie. Aktywną rolę we wspieraniu Filipa pełnił jego stryj Karol Walezjusz i matka Joanny Mahaut. Koronacja małżonków odbyła się 9 stycznia 1317 roku w Reims.
Joanna nie odegrała żadnej roli politycznej. Nie ma w źródłach żadnej informacji o tym, aby jako królowa dążyła do uwolnienia swojej siostry Blanki z Château Gaillard.
Ostatnie lata życia Joanna została wdową 3 stycznia 1322 roku. Następnym królem Francji i Nawarry został mąż jej siostry, Karol IV Piękny, który jeszcze w 1322 roku unieważnił swoje małżeństwo Blanką.
Z racji powołania się przez Filipa V w 1316 roku na prawo salickie, żadna z córek jego i Joanny nie mogła ubiegać się o tron.
Królowa-wdowa zamieszkała w wieży Nesle. W listopadzie 1329 zmarła jej matka i Joanna odziedziczyła hrabstwo Artois, lecz przeżyła ją tylko o 2 miesiące.
Pochowana w bazylice w Saint-Denis. W swoim testamencie ufundowała collège de Bourgogne w Paryżu.
Potomstwo Z małżeństwa z Filipem miała pięcioro dzieci: