W styczniu 1990 roku na wniosek załogi przywrócono historyczną nazwę zakładu – Kopalnia Węgla Kamiennego „Kleofas”. 1 lipca 1993 roku zakład wszedł w skład Katowickiego Holdingu Węglowego, którego wszystkie akcje posiadał Skarb Państwa. W 1996 roku zakład połączono z kopalnią „Katowice”, tworząc dwuruchową Kopalnię Węgla Kamiennego „Katowice”, której nazwę wkrótce zmieniono na Kopalnię Węgla Kamiennego „Katowice-Kleofas”. Połączony zakład dysponował polem górniczym o powierzchni 24,8 km².
mały|Tereny pokopalniane w 2015 roku
W 1999 roku wstrzymano wydobycie w Ruchu II – „Katowice”, a pięć lat później w Ruchu I – „Kleofas”. Decyzję o likwidacji kopalni podjęto 4 marca 2004 roku, głównie ze względu na duże zagrożenie tąpnięciami, a także z przyczyn ekonomicznych. Wydobycie zakończono w listopadzie tego samego roku. Załoga liczyła wówczas 800 osób, którym znaleziono pracę w innych zakładach Katowickiego Holdingu Węglowego.