W okresie niemieckiej okupacji Polski w latach 1939–1945 zakład należał do spółki Giesche AG. Od 1943 roku dla kopalni pracowali robotnicy przymusowi (jeńcy i więźniowie), których umieszczono w obozie w pobliżu szybu „Schwarzenfeld I”, w rejonie późniejszej ulicy F. Bocheńskiego. W 1944 roku było ich 1,4 tys. W styczniu 1945 roku kopalnię opuściło niemieckie kierownictwo, które wstrzymało prace i próbowało zniszczyć zakład, czemu zapobiegła grupa kilku pracowników kopalni.
Lata powojenne mały|Ciepłownia przy kopalni „Kleofas”, widziana z ulicy Obroki (2011)
Pierwszym po wojnie kierownikiem zakładu został inż. Stanisław Białobrzeski, który przygotował wznowienie wydobycia, co nastąpiło 9 lutego 1945 roku. 3 marca tego samego roku kopalnia „Kleofas” przeszła na własność Katowickiego Zjednoczenia Przemysłu Węglowego.
Wzrost zapotrzebowania na węgiel kamienny w latach 50. XX wieku wymusił rozbudowę zakładu. Zmodernizowano urządzenia wyciągowe, a także zaczęto stosować podsadzkę hydrauliczną. Część wydatków przeznaczono na mechanizację urabiania i transportu węgla. W 1952 roku zainstalowano w kopalni pierwszy kombajn typu Donbas. W 1956 roku oddano do użytku nową łaźnię na 296 miejsc i lampownię na 1,1 tys. lamp.