Złożył podanie o stanowisko wykładowcy położnictwa na uniwersytecie, ale go nie otrzymał. Niedługo potem wygłosił udany wykład w Towarzystwie Medycznym w Wiedniu, zatytułowany „The Origin of Puerperal Fever”. Otrzymał wreszcie stanowisko wykładowcy położnictwa na Uniwersytecie w Zurychu, było ono jednak związane z ograniczeniami, które uważał za upokarzające. Opuścił Wiedeń i w 1850 roku wrócił do Pesztu. Tu został przyjęty serdecznie. W 1855 r. został wykładowcą teorii i praktyki położnictwa na Uniwersytecie Peszteńskim. Ożenił się z 18-letnią dziewczyną. Miał z nią pięcioro dzieci, dwoje z nich jednak zmarło w dzieciństwie.
Zapadł na chorobę psychiczną, na którą cierpiał, z powodu ataków lekarzy, którzy nie chcieli zaakceptować jego teorii dotyczącej sterylizacji narzędzi chirurgicznych i mycia rąk przed operacją lub przyjmowaniem porodu. Stan jego zdrowia stale się pogarszał. 31 lipca trafił do szpitala psychiatrycznego w Wiedniu, gdzie zmarł 13 sierpnia 1865 r. z powodu tych samych bakterii, z którymi walczył. Przyczyną śmierci była zakażona rana, która mogła powstać w wyniku walki.