Dotychczas Muzeum zgromadziło ponad 8000 muzealiów, w tym znajdują się archiwalia, dokumenty, fotografie, militaria i zbiory falerystyki. Niemal cała kolekcja powstała w efekcie gromadzenia pamiątek kombatantów przekazywanych w formie darów. Nadal spływają dary od kombatantów i ich rodzin, jak choćby kolekcja pamiątek dotycząca środowiska Kadetów II RP od Zenona Malika, zbiór militariów, w tym „kolekcja bieżanowska” i „kolekcja kanadyjska” od dr. Stanisława Wcisło czy unikatowa kolekcja archiwaliów więźniów obozów jenieckich Stalag XI B. Wśród najważniejszych obiektów znalazły się m.in. mundur gen. Tadeusza Komorowskiego „Bora”, pamiątki po patronie Muzeum – gen. Emilu Fieldorfie „Nilu”, oryginalne weksylia (sztandary), pamiątki po o. Adamie Studzińskim, kolekcje orłów wojskowych, odznak i odznaczeń, uzbrojenie i umundurowanie, wydawnictwa konspiracyjne. Ukoronowaniem zbiorów jest kolaż Tadeusza Kantora „Wrzesień 1939”.
Ekspozycja stała thumb|upright|Granatnik wz. 36 w Muzeum Armii Krajowej w Krakowie Na ekspozycję złożyły się materiały m.in. ze zbiorów Fundacji Muzeum Historii Armii Krajowej, Klubu Powstańców Warszawskich i Obszaru Lwowskiego Armii Krajowej.