Do 1942 pozostawał bez pracy, po czym Niemcy zatrudnili tego wybitnego historyka jako pomocnika biurowego w dawnej Bibliotece Śląskiej w Katowicach, a następnie w Urzędzie Genealogicznym (w Katowicach i Cieszynie). Po wojnie był przez komunistów oskarżany o kolaborację z Niemcami. Więziony w latach 1948–1952, nie zaprzestał pracy naukowej. W ostatnim okresie swojego życia pracował dosłownie bez wytchnienia. Dnia 28 grudnia 1948 r. został aresztowany pod zarzutem współpracy z Niemcami. Pobyt w więzieniu był dla Ludwika Musioła ciężkim doświadczeniem. Przebywał tu w otoczeniu prymitywnych przestępców, dręczył go głód i wszy. Jak później sam opowiadał, przeżycie tego koszmaru było możliwe tylko dlatego, że pozwolono mu uczyć analfabetów. Wypuszczony z zakładu karnego został 16 stycznia 1952 r.
Posługiwał się następującymi językami: łaciną, niemieckim, francuskim, czeskim i staroczeskim a także polskim, nie wyłączając staropolszczyzny. Znał prócz tego języki: hebrajski, semicki, rosyjski i starorosyjski oraz grekę klasyczną.
Okres pracy pedagogicznej w Pszczynie (1922–1931). W latach 30. p.o. wizytatora szkół śląskiego Urzędu Wojewódzkiego w Pszczynie „za zasługi w służbie państwowej”..