W lutym 2015 r. ogłosił zaręczyny z byłą Miss Kalifornii, . Ich syn Boomer Robert Phelps urodził się 5 maja 2016 r.. W październiku 2016 roku poinformował, że jego ślub z Nicole Johnson odbył się 13 czerwca 2016 r..
Kontrowersje W listopadzie 2004 roku został złapany przez policję w Salibury, gdy prowadził samochód po pijanemu. Został skazany na 18 miesięcy dozoru policyjnego, a także został zobowiązany do zapłacenia kary w wysokości 250 $Phelps skazany za jazdę w stanie nietrzeźwym..
2 lutego 2009 roku został zawieszony na trzy miesiące przez Amerykańską Federację za palenie marihuanyMichael Phelps zawieszony na trzy miesiące..
30 września 2014 roku został aresztowany za jazdę pod wpływem alkoholu. Sąd w Baltimore skazał pływaka na rok więzienia w zawieszeniu na 18 miesięcy. Dodatkowo Amerykanin musiał poddać się terapii i uczestniczyć w spotkaniach AA.