W 1992 roku klub przyjął nazwę FK Dukla Bańska Bystrzyca liga słowacka Dukla od momentu rozpoczęcia rozgrywek w 1993 roku uczestniczyła w najwyższej klasie rozgrywkowej. W sezonie 1999-2000 nastąpiła reforma rozgrywek, w wyniku której ligę zmniejszono z 16. do 10. drużyn. Dukla nie zdołała utrzymać miejsca w elicie i na kolejne trzy sezony spadła ligę niżej. Po powrocie klub zaliczył najlepsze lata w swojej historii zdobywając tytuł wicemistrza Słowacji 2003/04 oraz trzecie miejsce rok później. Dodatkowo w trakcie sezonu 2004/2005 udało im się przebrnąć dwie rundy eliminacyjne Pucharu UEFA i odpadli dopiero w pierwszej rundzie po starciu z portugalską SL Benfica. W tym samym roku zespół po raz drugi w historii wywalczył Puchar Słowacji. Kolejne lata nie obfitowały w sukcesy, chociaż w sezonie 2009/2010 udało się po raz ostatni ukończyć zmagania ligowe na podium. W kolejnym sezonie przed meczem eliminacji Ligi Europy UEFA po raz pierwszy dały o sobie znać problemy finansowe. Zawodnicy domagali się pieniędzy, a dodatkowo ulegli gruzińskiej ekipie SK Zestaponi 0:3. Ostatecznie w sezonie 2016/2017 zespół spadł do trzeciej ligi i prezes Ján Kováčik postanowił rozwiązać klub. Młodzieżowe zespoły FK Dukla zostały przejęte przez Milana Smädo właściciela występującego w 3.