W odpowiedzi na represje, na krótko po zamachu stanu niektóre regiony znalazły się w rękach partyzanckich (np. Neltume, gdzie z wojskiem starł się 80 osobowy oddział opozycji.
Generał Pinochet w opublikowanych przez siebie wspomnieniach twierdzi, że od początku był głównym projektantem i organizatorem puczu. Wykorzystując swoją pozycję głównodowodzącego armią lądową miał, według własnych słów, koordynować poczynania dowódców pozostałych trzech rodzajów sił zbrojnych Chile. Wspomnienia publikowane w ostatnich latach przez innych oficerów zaangażowanych w pucz zaprzeczają jednak słowom Pinocheta. Według tych wspomnień, Pinochet, niedawno nominowany przez Allende na głównodowodzącego Armią, przystąpił niezbyt chętnie do puczu na kilka dni przed jego rozpoczęciem i w zasadzie wykonywał plan zaaprobowany wcześniej przez pozostałych trzech głównodowodzących innymi rodzajami sił zbrojnych. Według zgodnych relacji kilku oficerów pracujących w sztabach innych sił zbrojnych, centrum dowodzenia całą operacją puczu znajdowało się prawdopodobnie w sztabie marynarki wojennej.
Rządy Pinocheta