W wojnie 1920 był dowódcą 4 Armii. Od 17 maja 1920 obowiązki dowódcy armii łączył z funkcją dowódcy „Frontu gen. Szeptyckiego” w skład którego wchodziły trzy armie (1, 4 i 7). 5 lipca 1920 został dowódcą Frontu Północno-Wschodniego, a obowiązki dowódcy 4 Armii przekazał generałowi Leonardowi Skierskiemu. Na tym ostatnim stanowisku prowadził walki odwrotowe do 30 lipca 1920. Niesłusznie był oskarżany w wojsku o bycie winnym panicznego odwrotu i rozprężenia powierzonych mu oddziałów. Najwyższa Wojskowa Komisja Opiniująca całkowicie oczyściła generała Szeptyckiego z tych zarzutów 6 maja 1921. 1 sierpnia 1920 zmuszony został odejść ze stanowiska wskutek ciężkiej choroby (czerwonka) oraz nieporozumień z Józefem Piłsudskim (Piłsudski post factum w 1924 w swej książce Rok 1920 uważał, że Szeptycki doznał załamania nerwowego w związku z przemęczeniemJan Szczepański „Władze i społeczeństwo Drugiej Rzeczypospolitej wobec bolszewickiego zagrożenia w 1920 roku” Wydawnictwo Sejmowe 2022, ISBN 978-83-7666-720-1, s. 117.). Generał w swej odpowiedzi na książkę Rok 1920 uznał to oskarżenie jako element szerszego ataku Piłsudskiego na jego osobę.
Po wyzdrowieniu zgłosił swoją gotowość do dalszej służby, na co otrzymał pisany z Belwederu, datowany na 9 października 1920, osobisty list od Józefa Piłsudskiego o następującej treści: