Medyczne bazy danych gromadzą ogólnoewidencyjne oraz specjalistyczne dane o pacjentach. Zastępują one tradycyjną kartotekę medyczną i usprawniają dostęp do informacji medycznej. Pod względem sprzętu i oprogramowania medyczne bazy danych nie różnią się w znacznym stopniu od baz danych stosowanych w innych celach, jednak posiadają pewne cechy szczególne m.in. multimedialny charakter (oprócz wartości tekstowych i liczbowych, pola rekordów bazy danych zawierają wyniki badań w postaci obrazów i sygnałów), a także dostępność danych, charakteryzujących się różnym źródłem, w formie jednego zasobu. Ponadto z medycznymi bazami danych związane są szczególne wymagania związane z ochroną danych osobowych i tajemnicy lekarskiej. Bazy danych mają zwykle bezpośredni związek z systemami wspomagającymi administrację szpitala oraz specjalistycznymi systemami przetwarzającymi sygnały medyczne i systemami związanymi z obrazowaniem medycznym.
Innym rodzajem medycznych baz danych są bazy danych bibliograficznych, ułatwiające lekarzom wykonywanie zadań związanych z przestrzeganiem zasad medycyny opartej na dowodach oraz pracą naukową, gromadzące publikacje naukowe. Jedną z największych medycznych baz danych bibliograficznych jest m.in.