Sobala skomentował przeprowadzone zmiany zamieszczając na stronie internetowej stacji zdanie „Sorry, ziomale”.
1 maja 2007 objął stanowisko dyrektora Programu I Polskiego Radia, zastępując na tym stanowisku Marcina Wolskiego. Ze stanowiska został odwołany 28 listopada 2008. Od 7 października 2007 prowadził program Jacek Sobala zaprasza na antenie TVP Info. 29 grudnia 2009 został nowym dyrektorem Programu III Polskiego Radia, zastępując na tym stanowisku Magdalenę Jethon. Ze stanowiska został odwołany 26 maja 2010. 9 marca 2017 został wybrany na stanowisko prezesa zarządu Polskiego Radia. Zastąpił Barbarę Stanisławczyk-Żyłę. 17 sierpnia 2018 został zawieszony w czynnościach prezesa przez zarząd. 28 sierpnia 2018 został odwołany z funkcji prezesa Polskiego Radia.
Od 2019 jest dziennikarzem Telewizji Republika. Od maja 2019 do 19 marca 2025 prowadził swój autorski program publicystyczny Mówi się..., który odbywał się z telefonicznym udziałem widzów, początkowo rozmowy były na żywo, w ostatnich miesiącach nadawania programu odbiorcy nagrywali się i wypowiedzi później były emitowane w programie. Od września 2023 do sierpnia 2024 był także jednym z prowadzących główne wydanie serwisu informacyjnego Dzisiaj, a od maja do sierpnia 2024 prowadził również publicystyczną kontynuację programu – Gość Dzisiaj.