W 1967 Stolle, zwycięzca 31 turniejów amatorskich, przeszedł do grona tenisistów zawodowych, co wykluczyło go z rywalizacji wielkoszlemowej i Pucharu Davisa. Wkrótce jednak okres podziału tenisa na zawodowy i amatorski zakończył się i Stolle zdobywał kolejne tytuły. Jako zawodowiec wygrał łącznie dwie imprezy w singlu i trzynaście w deblu. Po raz ostatni wystąpił w grze pojedynczej w mistrzostwach USA – wówczas już US Open – w 1972, dochodząc do ćwierćfinału po wyeliminowaniu rozstawionych Newcombe (nr 5.) i Drysdale (nr 11.) i przegrywając z Rumunem Ilie Năstase 4:6, 6:3, 3:6, 2:6. W latach 70. XX w. Stolle był zawodowym trenerem tenisa, m.in. w rozgrywkach drużynowych World Team Tennis poprowadził do zwycięstwa ekipę New York Apples (1976 i 1977).
Fred Stolle występował w reprezentacji Australii w Pucharze Davisa w latach 1964–1966. W zespole prowadzonym przez legendarnego Harry’ego Hopmana był przede wszystkim singlistą i w 1964 odegrał ważną rolę w odzyskaniu trofeum przez Australijczyków. W finale z USA przegrał na otwarcie z Chuckiem McKinleyem, a potem w deblu w parze z Royem Emersonem. Do pojedynku z Dennisem Ralstonem przystępował przy stanie 2:1 dla USA i jego porażka oznaczałaby zarazem przegraną Australii.