W przeszłości opisano i stosowano podział na dwadzieścia cztery podgatunki, ale ekstremalna eksploatacja i mieszanie populacji podczas reintrodukcji wydaje się czynić ten podział bezsensownym. Do ponownej oceny podgatunków geograficznych na podstawie różnic morfologicznych wymagana będzie dalsza analiza mtDNA i nDNA. Obecnie nie ma dowodów genetycznych na poparcie istnienia podgatunków C. canadensis. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World uznają ten takson za gatunek monotypowy.
Etymologia Castor: , castoris „bóbr”, od kastōr, καστορος kastoros „bóbr”. canadensis: Kanada, od irokeskiego kanata „osada”.
Morfologia Wyglądem bóbr kanadyjski przypomina swojego europejskiego kuzyna i przez długi czas uważany był za jego podgatunek. Jednak badania genetyczne wykazały odmienność obu form. Gatunki te różnią się m.in. liczbą chromosomów (bóbr kanadyjski ma ich 40, a nie jak europejski – 48), co powoduje, iż oba gatunki nie mogą się krzyżować.
Tułów bobra kanadyjskiego jest mniej smukły niż europejskiego, także jego klatka piersiowa jest szersza. Nogi ma krótkie, biega ociężale, palce stopy tylnej pary nóg są złączone błoną (co ułatwia pływanie).