Dalej na południe rośnie najczęściej w dolinkach torfowisk wysokich oraz na mszarach przejściowych zarastających jeziora. Na obszarach górskich sięga do ok. 2000 m n.p.m. W Europie Środkowej gatunek uznawany jest za relikt glacjalny.
Wymaga stanowisk podmokłych i dobrze naświetlonych, choć może się utrzymywać także w miejscach lekko zacienionych. Gleba na stanowiskach bagnicy jest zawsze torfowa, organiczna. Poziom wód musi być niezmiennie wysoki przez cały rok – roślina źle znosi nawet krótkie susze. Jest gatunkiem związanym z siedliskami oligotroficznymi i silnie kwaśnymi. Wchodzi w skład zbiorowisk emersyjnych – darni roślin tworzonych przez splątane kłącza i korzenie niekotwiczące się w dnie, lecz unoszące w formie rusztowania na powierzchni zarastającego zbiornika. Bagnica często tworzy zwarte skupienia.
Gatunek jest w Europie Środkowej charakterystycznym dla związku zespołów Rhynchosporion albae i zespołu Caricetum limosae, częsty także w mszarach związku Sphagnion magellanici (Sphagnion medii). Od gatunku tego utworzono nazwę klasy zespołów – Scheuchzerio palustris-Caricetea fuscae Tx. 1937 obejmującej roślinność turzycowo-mszarną źródlisk i torfowisk przejściowych strefy arktycznej, borealnej i umiarkowanej półkuli północnej.