Został skierowany do Wojskowego Instytutu Historycznego im. Wandy Wasilewskiej. Wkrótce objął stanowisko redaktora naczelnego kwartalnika Przegląd Historyczno-Wojskowy. Awansował również na stopień pułkownika. Podczas pracy Grota w czasopiśmie ukazało się w nim wiele cenionych materiałów, m.in. wspomnienia Mariana Utnika, artykuły gen. Romana Abramowa i Mieczysława Boruty-Spiechowicza dotyczące likwidacji Cmentarza Orląt oraz materiały płk. Jana Rzepeckiego dotyczące Biura Informacji i Propagandy. Ukazywały się jednak także artykuły zakłamujące obraz dziejów Polski – szczególnie w latach 1981–1983. W 1985 r., po prawie 10 latach kierowania kwartalnikiem, został usunięty z redakcji w wyniku nieporozumień z szefem Głównego Zarządu Politycznego Wojska Polskiego. Został przeniesiony na stanowisko docenta w Wojskowym Instytucie Historycznym. Przeszedł w stan spoczynku w 1988 r., po prawie 40 latach służby.
Wycofał się z działalności politycznej i naukowej, gdyż uważał, że zmiany w polskiej lewicy zachodzą zbyt wolno. Jednocześnie pogarszał się jego stan zdrowia. Po kilku latach wrócił do działalności naukowej.
Zmarł 25 grudnia 2005. Jest pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera I urnowa-5-14).
Był żonaty, miał córkę Barbarę oraz synów Tomasza i Pawła.