W 2018 roku Patriarcha Konstantynopola proklamował na zaliczanym przez RKP do swojego terenu kanonicznego obszarze Ukrainy powstanie autokefalicznego Kościoła Prawosławnego Ukrainy, co doprowadziło do rozłamu między rosyjską Cerkwią a Konstantynopolem i innymi cerkwiami lokalnymi, które uznały decyzję Konstantynopola.
Po napaści Rosji na Ukrainę w 2022 roku doszło do rozłamu struktur rosyjskiej Cerkwi na Litwie i utworzenia podległej patriarsze Konstantynopola Egzarchatu LitewskiegoLitwa – oficjalnie zatwierdzono Cerkiew niezależną od Moskwy. W roku 2024 niezależność od Patriarchatu Moskiewskiego jednostronnie ogłosiła także Cerkiew estońskaEstnisch-orthodoxe Kirche erklärt sich für unabhängig von Moskau . Na Łotwie autokefalię Łotewskiego Kościoła Prawosławnego wprowadziły władze świeckie, co jest niezgodne z prawem kanonicznymWhy the Russian Orthodox Church Supports the War in Ukraine, Carnegie Endowment for International Peace, 2023-01 i zostało uznane przez Patriarchat Moskiewski za mieszanie się państwa w wewnętrzne sprawy kościoła}.
Językiem liturgicznym Cerkwi, podobnie jak w przypadku Kościoła prawosławnego w Polsce, jest język cerkiewnosłowiański. Używa się kalendarza starojuliańskiego.