Po raz pierwszy w historii Związku Radzieckiego można było obejrzeć telewizyjne programy poświęcone wydarzeniom kościelnym.
W 1990 został zamordowany ojciec Aleksandr Mień.
Za patriarchatu Aleksego II (1990–2008) dokonano odbudowy wielu wspólnot cerkiewnych, klasztorów i seminariów duchownych, w 2007 roku przywrócono też jedność z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym poza granicami Rosji. Następcą Aleksego jest patriarcha Cyryl I (rozpoczął misję 1 lutego 2009). Upadek Związku Radzieckiego zastał Kościół w znacznym stopniu osłabionym. Liczba wiernych regularnie uczestniczących w obrzędach jest nadal stosunkowo niewielka. Ocenia się, że ok. 15–20% obywateli Federacji Rosyjskiej uważa się za prawosławnych.
Patriarchat moskiewski i całej Rusi obejmuje dziś swoją jurysdykcją większość parafii prawosławnych na terenie RosjiHistoryczna decyzja Konstantynopola. Moskiewska Cerkiew traci Ukrainę.Białoruś ma otwartą drogę do autokefalii. „Jednak na czele cerkwi nieprzypadkowo jest Rosjanin”. oraz innych państw byłego ZSRR, jak również część parafii złożonych z emigrantów rosyjskich w innych krajach. Rosyjski Kościół Prawosławny uważany jest za dalece zależny od władz politycznych na Kremlu.