Kiedy król odniósł ostateczną porażkę i odmówił podpisania konstytucji, Henryka razem z córką Henryką Anną i synami uciekła w lipcu 1644 roku do Francji (najstarszy – Karol osiadł w Hadze, w Holandii). Jej mąż Karol został ścięty w 1649 roku, a Oliver Cromwell ogłosił się Lordem Protektorem.
Wygnanie i wdowieństwo thumb|Królowa Anglii (sir Peter Lely, 1660) Królowa zamieszkała w Paryżu, gdzie wokół niej zbierali się rojaliści z Anglii, powróciła do kraju dopiero po restauracji monarchii w październiku 1660 roku i zamieszkała w Somerset House w Londynie. W 1665 roku powróciła do Francji, gdzie ufundowała klasztor w Chaillot i tam osiadła. Zmarła w Château de Colombes. Została pochowana w królewskiej nekropoli − bazylice Saint-Denis koło Paryża.
Imieniem Henryki Marii nazwano jeden ze stanów w Stanach Zjednoczonych – Maryland (łac. Terra Mariae). Również przylądek Cape Henrietta Maria w Zatoce Hudsona, w północnej części Ontario został nazwany na jej cześć.
Życie prywatne Karol Jakub (1629), książę Kornwalii Karol II (1630–1685), król Anglii