W 1596 roku w pobliżu Łubniów hetman Stanisław Żółkiewski rozbił ostatecznie powstanie kozackie Nalewajki. W tym samym roku Reinhold Heidenstein zapisał zamek przed siedmią laty przez Aleksandra Wiśniowieckiego starostę czerkaskiego wystawiony. Na rzece Sule jest most bardzo długi, przez który już na stepy się wychodzi.... Na mapie Beauplana zaznaczony jest zamek i obwarowania miejskie. W 1619 Raina Wiśniowiecka ufundowała w okolicach miasta prawosławny męski klasztor - Mgarski Monaster Przemienienia PańskiegoT. Kempa, Fundacje monasterów prawosławnych w Rzeczypospolitej w pierwszej połowie XVII wieku [w:] red. A. Mironowicz, U. Pawluczuk, P. Chomik: Życie monastyczne w Rzeczypospolitej. Białystok: Zakład Historii Kultur Pogranicza Instytutu Socjologii Uniwersytetu w Białymstoku, 2001, s. 78-79. ..
thumb|240px|Książę Jeremi („Jarema”) Wiśniowiecki, ojciec króla Michała Korybuta
W roku 1648, w czasie Powstania Chmielnickiego, po wycofaniu wojsk i dworzan księcia Jeremiego Wiśniowieckiego doszło do zniszczenia Łubniów, m.in. pałacu książęcego i kościoła o.o. bernardynów pw. św. Michała. Z zabytków z czasów Wiśniowieckich (sprzed 1648 r.) pozostały w muzeum regionalnym jedynie fragmenty kolumny z pałacu oraz drzwi z kościoła o.o. bernardynów.