uchwałą nr XIX/161/96 rady miejskiej w Bukownie wprowadzono ochronę indywidualną „Doliny rzeki Sztoły wraz ze strefą ochronną”.
W dniu 28 listopada 2011 objęty został ochroną górny odcinek rzeki w ramach Parku Krajobrazowego Dolinki Krakowskie uchwałą Sejmiku Województwa Małopolskiego nr XV/247/11
Jedno z naturalnych źródeł Sztoły, położone w Żuradzie ma status pomnika przyrody.
Zanik rzeki W styczniu 2022 roku, po wyłączeniu pomp odwadniających w kopalni Pomorzany, zanikł przepływ w znacznej części koryta Sztoły, której środkowy i dolny bieg był przez dziesięciolecia podtrzymywany wodami kopalnianymi doprowadzanymi przez rzekę Baba. Według danych przywołanych przez NIK w latach 1998–2004 Babą dopływało do Sztoły od około 120 do ponad 150 m³/min wód dołowych, stanowiących około 90% ogólnego przepływu Sztoły.
Na reżim hydrologiczny Sztoły wpływały dwa współdziałające systemy drenażu: odwadnianie kopalń rud cynku i ołowiu w rejonie olkuskim oraz odwadnianie odkrywkowej Kopalni Piasku Szczakowa.