Władze Collegium Invisibile Collegium Invisibile jest stowarzyszeniem i w związku z tym jego najważniejszym organem jest Walne Zgromadzenie, w którego skład wchodzą wszyscy członkowie stowarzyszenia – tutorzy, studenci i członkowie honorowi. Dokonuje ono wyboru pozostałych władz stowarzyszenia – Rady Naukowej, Zarządu i Komisji Rewizyjnej.
Przewodniczący Dotychczasowi przewodniczący Collegium: Wojciech Gasparski (1995–1998) Dariusz Jemielniak (1998–2004) Michał Łuczewski (2004–2006) Adam Kola (2006) Damian Jasiński (2006–2008) Tymon Słoczyński (2008–2009) Leopold Hess (2009–2010) Krzysztof Niewiadomski (2010–2011) Bartłomiej Czajka (2011–2012) Agnieszka Dulęba (2012–2013) Żaneta Matuszek (2013–2014) Sebastian Siembora (2014–2015) Magdalena Góralska (2015–2016) Marta Marciniak (2016-2017) Aleksander Palikot (2017-2018) Krzysztof Grzegorczyk (2018-2019) Maria Różańska (2019-2020) Aleksander Musiał (2020-2021) Paulina Gurgul (2021-2022) Rafał Kłosek (2022-2023) Bartosz Biskup (2023-2024) Wiktoria Morawska (2024-2025) Sebastian Machera (od 2025)
Rada Naukowa dr hab. Marcin Pałys, prof. UW – przewodniczący Rady dr hab. Anna Jedynak, prof. UW – sekretarz Rady prof. dr hab.